補助率・補助上限・申請スケジュール・対象経費まで分かりやすく解説

近年、中小企業の後継者不足や人手不足を背景に、「第三者承継型M&A」が急速に増加しています。

一方で、M&Aには、

・M&A仲介会社への成功報酬

・FA（ファイナンシャルアドバイザー）費用

・デューデリジェンス費用

・契約書作成費用

など、多額の専門家費用が発生します。

そこで注目されているのが、「事業承継・M&A補助金（専門家活用枠）」です。

2026年5月に公開された15次公募では、

・買い手支援類型

・売り手支援類型

・小規模売り手支援類型

・100億企業特例

の4制度が公募されています。

本記事では、各制度の違いから、補助率・補助金額・申請スケジュール・対象経費・注意点まで、実務目線で詳しく解説します。

1．事業承継・M&A補助金とは？

事業承継・M&A補助金は、中小企業の事業承継・M&Aを促進し、生産性向上や地域経済活性化を図ることを目的とした国の補助金制度です。

特に「専門家活用枠」は、M&A時に発生する専門家費用を支援する制度となっています。

2．15次公募の4つの類型

（1）買い手支援類型

M&Aで株式や事業を譲り受ける企業向け制度です。

主な対象

・事業譲受

・株式取得

・同業買収

・エリア拡大

・人材獲得型M&A

（2）売り手支援類型

株式や事業を譲渡する企業向け制度です。

主な対象

・後継者不在企業

・廃業回避

・従業員雇用維持

・地域企業存続

（3）小規模売り手支援類型

小規模事業者に特化した制度で、専門家費用負担軽減を目的としています。

小規模事業者の定義

製造業その他

・従業員20人以下

商業・サービス業

・従業員5人以下

宿泊業・娯楽業

・従業員20人以下

（4）100億企業特例

将来的に売上100億円規模を目指す成長企業向け制度です。

大型M&Aやロールアップ戦略を支援する政策色の強い制度となっています。

3．補助率・補助上限額まとめ

15次公募で最も重要なのが「補助率」と「補助上限額」です。

通常の専門家活用枠（買い手・売り手）

補助上限額

・最大800万円

補助率

・2分の1以内

・一定条件下で3分の2以内

※DD費用や仲介費用等が対象

小規模売り手支援類型

補助上限額

・最大450万円

補助率

・3分の2以内

小規模事業者向けに、通常類型より手厚い補助率が設定されています。

100億企業特例

補助上限額

・最大2,000万円

補助率

・3分の2以内

通常枠を大きく超える大型補助となっています。

4．補助対象経費

専門家活用枠では、主に以下の費用が補助対象となります。

補助対象となる代表例

FA・M&A仲介費用

・着手金

・中間報酬

・成功報酬

デューデリジェンス費用

・財務DD

・税務DD

・法務DD

・ビジネスDD

契約関連費用

・最終契約書作成

・基本合意書レビュー

・株式譲渡契約支援

その他

・バリュエーション費用

・PMI関連費用

・セカンドオピニオン費用

5．対象外になりやすい費用

実務上、以下は注意が必要です。

対象外になりやすい例

・交付決定前契約

・相見積未取得

・現金払い

・証憑不備

・契約書不備

・関係会社への発注

公募要領でも、実績報告内容によっては減額される可能性が明記されています。

6．申請スケジュール

15次公募では、電子申請（Jグランツ）での受付となります。

主な流れ

① GビズIDプライム取得

↓

② 公募開始

↓

③ 申請受付

↓

④ 審査・採択

↓

⑤ 交付決定

↓

⑥ M&A実施

↓

⑦ 実績報告

↓

⑧ 補助金入金

GビズID取得は必須

申請には「GビズIDプライム」が必要です。

発行には、

・通常：1〜2週間

・混雑時：3週間程度

かかる場合があるため、早期準備が重要です。

7．採択されやすいポイント

（1）地域経済への貢献

審査では、

・雇用維持

・地域産業維持

・地域内調達

・地域ブランド活用

などが重視されます。

（2）M&A後の成長戦略

特に買い手支援では、

・売上拡大

・生産性向上

・シナジー

・PMI計画

が重要です。

100億企業特例では、成長戦略の具体性が特に重要視されます。

（3）専門家選定

M&A支援機関登録制度に登録されたFA・仲介会社である必要があります。

未登録業者を利用すると補助対象外となる可能性があります。

8．15次公募の注意点

同一公募回での重複申請不可

例えば、

・小規模売り手支援類型

・通常売り手支援類型

の同時申請は不可です。

補助金返還リスク

以下の場合は返還リスクがあります。

・不正申請

・虚偽申請

・証憑不備

・要件未達

公募要領では、不正受給時には加算金付き返還となる旨が記載されています。

9．まとめ｜15次公募は“成長型M&A”支援へ進化

今回の15次公募では、

・小規模事業者支援

・地域企業存続

・成長企業育成

・地方経済活性化

が強く打ち出されています。

特に、

・後継者不在企業

・地方企業

・ロールアップ戦略

・建設業M&A

・医療介護M&A

・製造業承継

との相性が非常に良い制度です。

一方で、

・交付決定前契約

・実績報告不備

・相見積不足

など、補助金実務特有のリスクもあります。

そのため、M&A実務と補助金実務の双方に精通した専門家と連携しながら進めることが、採択・満額受給のポイントとなります。