「M&Aを検討しているけれど、仲介手数料や専門家費用が負担になる……」

そのように感じている中小企業経営者の方に、ぜひ知っておいていただきたい制度があります。

それが、**事業承継・M&A補助金の「専門家活用枠」**です。

2026年9月に公表された16次公募では、M&Aによって会社や事業を「買う側」を支援する「買い手支援類型」と、「売る側」を支援する「売り手支援類型」が設けられています。

M&A仲介会社やFA、弁護士などの専門家に支払う費用の一部について、一定の条件を満たせば補助を受けることができます。

この記事では、事業承継・M&A補助金16次公募について、経営者の方が特に気になるポイントを中心に分かりやすく解説します。

まずは3分で分かる「事業承継・M&A補助金」

16次公募の専門家活用枠を簡単にまとめると、以下のような制度です。

補助金は原則として事業完了後の実績報告・確認を経て、精算払いとなります。

「思っていたより使える制度だ」と感じた方も多いのではないでしょうか。

事業承継・M&A補助金とは？

事業承継・M&A補助金は、中小企業の事業承継、事業再編、事業統合を促進し、生産性向上や経済活性化につなげることを目的とした補助金です。

専門家活用枠では、M&Aに伴う経営資源の引継ぎに必要となる経費の一部が補助されます。

M&Aでは、単にM&A仲介会社へ依頼するだけではありません。

例えば、

M&A仲介・FAへの報酬

企業価値の算定

財務・税務・法務DD

契約書の作成・レビュー

クロージングに向けた手続き

その他専門家への相談

など、さまざまな費用が発生します。

こうした費用の一部を補助してもらえる可能性があることが、この制度の大きなメリットです。

買い手企業向け「買い手支援類型」

買い手支援類型は、M&Aによって株式や経営資源を譲り受ける予定の中小企業等を対象としています。

例えば、

同業他社を買収して売上を拡大したい

新しい地域へ進出したい

人材や技術を獲得したい

新規事業への参入をM&Aで実現したい

といったケースが考えられます。

特に重要なのは、M&A後にシナジーを活かした生産性向上を行うことや、地域経済・雇用を牽引する事業を行うことが見込まれていることです。

つまり、「会社を買うこと」そのものではなく、M&Aによって会社をどう成長させるのかが重要になります。

売り手企業向け「売り手支援類型」

売り手支援類型は、M&Aによって株式や経営資源を譲り渡す予定の中小企業等を支援する制度です。

経営者の高齢化や後継者不足によって、事業承継が難しくなっている企業にとって、大きな意味を持つ制度です。

例えば、

「子どもに会社を継がせることが難しい」

「従業員に承継するのは現実的ではない」

「廃業するより、会社や事業を次の経営者につなぎたい」

という場合には、第三者承継としてM&Aを検討することができます。

売り手支援類型では、地域の雇用や経済を支える事業が、M&Aによって第三者に引き継がれることが見込まれていることが要件となっています。

補助金はいくら？補助率・補助上限を確認

ここは経営者の方にとって最も気になるところでしょう。

買い手支援類型

買い手支援類型では、

補助率：補助対象経費の2/3以内

基本の補助上限：600万円

DDを実施する場合：200万円を上乗せ

廃業費：最大300万円を上乗せ

補助下限額：50万円

となっています。

例えば、補助対象経費が900万円だった場合、単純計算では2/3にあたる600万円が補助額の上限となります。

ただし、補助対象経費として認められるかどうかは個別の要件確認が必要です。

売り手支援類型

売り手支援類型の補助率は、

原則：1/2以内

一定の要件を満たす場合：2/3以内

となっています。

2/3以内となる代表的なケースは、

物価高等の影響によって営業利益率が低下している

直近決算期の営業利益または経常利益が赤字

のいずれかに該当する場合です。

どんな費用が補助対象になる？

M&Aを進める際には、さまざまな専門家費用が発生します。

16次公募では、例えば以下のような経費が対象となります。

M&A仲介・FA関連

着手金

マーケティング費用

リテーナー費用

基本合意時報酬

成功報酬

価値算定費用

DD・専門家関連

財務DD

法務DD

税務DD

環境調査・信用調査

プレPMI費用

法務・クロージング関連

最終契約書の作成・レビュー

クロージング手続き費用

クロージングに向けたアドバイス費用

などです。

ただし、M&A仲介・FAに関する費用については、M&A支援機関登録制度に登録されたFA・仲介業者による支援であることが重要です。

「DD」は特に重要

買い手支援類型では、DDの実施が重要な要件になっています。

DDとは、買収対象会社について、

財務

法務

税務

事業

人事・労務

IT

知的財産

などを調査し、M&Aに潜むリスクを確認するプロセスです。

M&Aでは、「買収できるか」だけでなく、「買収した後に問題が起きないか」を確認することが欠かせません。

補助金を活用できれば、こうしたDDにかかる費用負担を軽減しながら、より慎重にM&Aを進めることができます。

申請スケジュールは？いつまでに準備する？

16次公募の申請受付期間は、

2026年10月2日（金）～11月6日（金）17:00

です。締切時間は厳守とされています。

申請はJグランツによる電子申請です。

また、Jグランツを利用するためにはGビズIDプライムが必要です。GビズIDの取得には1～2週間程度、混雑時には3週間程度かかる場合があるため、まだ取得していない企業は早めに準備しておきましょう。

申請準備の大まかな流れ

1. M&Aの方向性を整理する
2. 利用する専門家を検討する
3. 補助対象経費を確認する
4. 見積書等を準備する
5. GビズIDプライムを取得する
6. 必要書類を準備する
7. Jグランツから申請する

という流れになります。

「交付決定前に契約」すると補助対象外になることも

この補助金を利用する際、特に注意したいのが事業を始めるタイミングです。

公募申請をしただけでM&A仲介会社と契約してよいわけではありません。

公募要領では、交付決定通知書を受理した後に補助事業へ着手することとされています。

また、原則として2者以上から見積を取得することが必要です。相見積が必要なケースで取得していない場合、その経費が補助対象として認められない可能性があります。

M&Aはスピード感が重要な一方、補助金を利用する場合には、M&Aの進行と補助金のルールを同時に管理することが必要です。

補助金を使うために、M&Aを待つ必要はない

「補助金が使えるならM&Aを検討したい」という考え方もありますが、実際には逆です。

まず、

「自社にM&Aという選択肢があるのか」

を考え、そのうえで利用できる補助金があるか確認することが重要です。

特に売り手企業の場合、後継者問題は時間とともに深刻化します。

「まだ元気だから大丈夫」
「もう少し先で考えればいい」

と思っていても、買い手候補を探したり、企業価値を整理したり、必要資料を準備したりするには相応の時間がかかります。

M&Aは、会社を売却するためだけのものではありません。

従業員の雇用を守ること、取引先との関係を維持すること、長年培ってきた技術やブランドを次世代につなぐこと。

こうした目的のためにM&Aを選択する経営者も増えています。

そして、その準備段階から専門家に相談することで、「本当にM&Aをするべきなのか」「どのような相手が考えられるのか」「どの程度の企業価値が見込めるのか」といった点を整理できます。

まとめ｜M&Aを考えるなら、補助金も含めて早めの準備を

事業承継・M&A補助金16次公募の専門家活用枠は、M&Aに伴う専門家費用の負担軽減を検討できる重要な制度です。

特に今回の公募では、

買い手は補助率2/3以内、基本上限600万円

DD実施で200万円の上乗せ

廃業費は最大300万円の上乗せ

売り手は1/2または2/3以内

補助下限額は50万円

申請期間は2026年10月2日～11月6日17時

という点がポイントです。

ただし、補助金は「M&Aをすれば自動的にもらえる」という制度ではありません。

対象となるM&Aなのか、専門家費用が対象になるのか、契約・発注のタイミングは適切か、必要な証憑を揃えられているかなど、さまざまな条件があります。

そのため、M&Aを検討している経営者の方は、「M&Aの相談」と「補助金の活用」を別々に考えるのではなく、最初から一体として検討することをおすすめします。

つながり株式会社は、スモールM&Aに特化しています

つながり株式会社では、スモールM&Aに特化し、事業承継やM&Aを検討する中小企業経営者の皆様を支援しています。

「後継者がいないのでM&Aを考えている」

「会社を買って事業を拡大したい」

「M&A仲介手数料がどの程度かかるのか知りたい」

「補助金を利用できるのか確認したい」

こうした段階からのご相談も、M&Aを具体的に進めるための大切な一歩です。

M&Aをするかどうかを決める前に、まずは自社の選択肢を整理してみる。

それだけでも、経営者としての次の一手が見えてくることがあります。

事業承継やM&Aを検討されている方は、まずはお気軽にご相談ください。

※本記事は2026年9月公表の「事業承継・M&A補助金（16次公募）専門家活用枠」の公募要領をもとに作成しています。制度内容・公募期間・補助対象経費等は変更される場合があります。実際の申請にあたっては、必ず最新の公募要領をご確認ください。

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